Aby przeprowadzić reinstalację lub zmianę wersji programu NASK Desk, należy:
- zamknąć aplikację działającą w tle, sprawdzając zasobnik systemowy Windows,
- odinstalować aplikacje w kolejności: najpierw NASK Desk autorstwa NASK (mniejszą wersję), następnie NASK Desk autorstwa Naukowa i Akademicka Sieć Komputerowa (większą wersję),
- usunąć pozostałości po programie, usuwając folder C:\ProgramData\NASK.Desk,
- na końcu zainstalować aplikację NASK Desk ponownie.