Nie. Przy wdrożeniu EZD określa się, które sprawy z JRWA będą prowadzone elektronicznie, a które nadal papierowo. Zwykle sprawy rozpoczęte w papierze kończy się w tej samej formie, a nowe prowadzi elektronicznie.
Możliwe jest też przejście spraw papierowych na elektroniczne w trakcie roku, jeśli instytucja tak zdecyduje i zaktualizuje JRWA. Nie ma obowiązku wprowadzania do EZD RP całej dokumentacji spraw prowadzonych wcześniej tradycyjnie.