Nie wszystkie pliki XML można podpisać bezpośrednio w systemie EZD RP. W takich przypadkach należy:
- spakować plik XML do archiwum ZIP,
- podpisać archiwum za pomocą podpisu elektronicznego w formacie XAdES.
Tylko w tej postaci podpis zostanie prawidłowo rozpoznany i zaakceptowany przez system.